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01-03-2003

Protéome - Protéomique et Post génomique*


Nos mémoires, notre vécu et nos schémas répétitifs sont inscrits au plus intime de notre corps, dans nos cellules qui les “expriment” dans leur langage moléculaire : les protéines. Le protéome est le complément protéique du génome. Il est constitué de l'ensemble des protéines exprimées par le génome d'une cellule, d'un tissu ou d'un organe donné dans des conditions données. Il représente la mémoire biologique de notre humaine condition.
*D'après une communication du Dr Jean-François Bizot effectuée dans le cadre de la World Anti-Aging

Ce protéome, spécifique pour chacun, indique ce que le mal dit et les maladies potentielles codées par nos conflits biologiques. Selon l'environnement dans lequel il se trouve, seule une partie du génome est exprimée. Le génome propose, l'environnement dispose.
Le génome est constant aux mutations somatiques près, dans toutes les cellules de l'organisme, alors que le protéome varie d'un type cellulaire à l'autre et selon la situation physiologique et le développement dans laquelle se trouve chaque cellule. Les gènes, eux, peuvent avoir une expression génétique spécifique différenciée dans le temps. Elle peut être caractéristique d'un état donné, normal ou pathologique ou, encore, répondre à un stimulus particulier.

La mémoire biologique de notre humaine condition

Les protéines qui constituent le protéome sont des ambassadrices, des sentinelles, des messagères. Elles témoignent de notre patrimoine génétique mais également de nos acquis. Chaque fois que nos cellules souffrent, soumises à des stress physiques et/ou psychiques, elles envoient des messages de souffrance à travers notre organisme par le biais de la synthèse protidique vers d'autres cellules aptes à réagir à la situation.
Cette transmission inter-cellulaire peut être immédiate, (c'est la maladie), ou différée. Notre protéome est donc la mémoire biologique de notre humaine condition. Si, à la suite d'un changement alimentaire, d'un nouveau trouble physique ou psychique, d'une maladie récurrente, l'information peut être restituée, alors la maladie se déclenchera.
Les mémoires biologiques devraient être décodées pour trouver les traces d'agressions passées susceptibles de faire le lit de nouveaux troubles de la santé ou rechercher les indices d'une maladie présente ou en préparation. Les protéomes sont comme des machines dynamiques dont les dysfonctions révèlent les maladies. En fait, ce sont nos boites noires.

L'étude des protéines

La protéomique permet d'étudier les protéines. Focalisée sur le produit final de l'expression de leurs gènes, elle intègre tous les mécanismes de régulation de la cellule. En d'autres termes, c'est l'étude qualitative et quantitative du protéome. Après avoir déchiffré le génome, il reste à déterminer le rôle de chaque gène et à comprendre quelle(s) protéine(s) il code. Si la post-génomique est la vision globale de la fonction des gènes, la protéomique, elle, aborde une vision quasi-complète de l'activité génétique dans une cellule. Son intérêt serait de pouvoir analyser toutes les protéines d'une cellule tout comme la génomique devrait trouver tous les gènes dans un génome.

Des protéines sériques serviront dans l'avenir de marqueurs biologiques pour le diagnostic nosologique, le développement de médicaments et à la médecine prédictive pour avoir une vision dynamique des patients.
La protéine, véritable ouvrier moléculaire de la cellule, est beaucoup plus proche de la réalité physiologique que ne l'est l'ADN. Des pathologies comme le cancer ou des déséquilibres immunitaires bénéficieront directement de cette révolution biotechnologique du 21ème siècle : la protéomique.

Les traitements préventifs et curatifs pourront être adaptés par systèmes experts à chaque individu.
Le protéome sérique peut révéler de nombreuses pathologies. Il permet d'étudier les couples structure/fonction des protéines et révèle un système indispensable au diagnostic comme à la prévention. Il faut donc mettre en évidence des modèles protéomiques dans le sérum.

Techniques utilisées en protéomique

Dans le cadre du projet de l'organisation du protéome humain HUPO qui vise à l'identification des fonctions des protéines, l'analyse protéomique cartographique repose sur l'association de l'électrophorèse bi-dimentionnelle, de l'analyse d'image et de la spectrographie de masse.
L'analyse permet d'identifier des protéines dont l'expression varie en relation avec des modifications de l'environnement cellulaire ou au cours de processus physiopathologiques. Cette identification permet de dresser un répertoire qualitatif et quantitatif des protéines touchées, c'est la protéomique descriptive.
Les nombreuses informations contenues dans les banques de données de bio-informatique permettront de rechercher plus précisément les circuits métaboliques de grandes fonctions dans lesquelles des variantes d'expressions sont appliquées. C'est la protéomique fonctionnelle.
L'accès au haut débit de la protéomique fonctionnelle existe. La bio-mathématique appliquée aux paramètres composites des protéines sériques pour orienter le diagnostic des maladies a été proposée en France il y a plus de vingt ans. La mise en évidence des modèles protéomiques dans le sérum avec la capacité de haut débit, de reproductibilité et d'automatisation s'inscrit dans une perspective de post génomique à grande échelle.
Le décryptage médical de nos boites noires permettra d'accéder à une réelle médecine préventive dans la mesure où nous ne sommes plus forcément dans le lésionnelle.

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